在分子生物学与医学研究领域,福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本被视作珍贵的生物资源,蕴藏了丰富的历史样本及临床信息。然而,由于FFPE样本在固定和存储过程中,DNA可能遭遇降解、交联和片段化等问题,这使得其成为二代测序(NGS)分析中的技术瓶颈。因此,如何从FFPE样本中提取的DNA构建合格的文库,成为测序研究领域亟待解决的关键挑战。
什么是FFPE样本
FFPE样本是采用福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded)技术处理后保存的生物组织样本。这一方法能够有效延长组织标本的保存期限,同时便于运输,因此在病理学、组织学和分子生物学研究中得到广泛应用。尤其在癌症及遗传学研究中,FFPE样本是追踪历史样本及临床数据的重要来源。
FFPE样本的应用
通过福尔马林固定,FFPE样本能够有效保存组织结构和细胞形态,石蜡的包埋则为后续的长期保存提供了基础。这些样本不仅具备高度的可存档性及临床应用价值,更可跨越数年的保存时间,方便进行回顾性研究。总之,FFPE样本是连接临床病理数据与分子水平研究的重要桥梁,尤其适用于从大量历时临床样本中提取基因组信息的研究项目。
FFPE样本的特点
FFPE组织切片是生物医学研究中极为重要的材料,被称为病理科的“瑰宝”。它们蕴藏了丰富的疾病信息,为临床诊断和科学研究提供了重要支持。尽管FFPE样本具备多种优势,但其制作过程也带来了相应的挑战。
高质量建库,修复是关键
从FFPE样本中提取临床材料是一种常见且有效的方法。然而,固定和保存过程中可能会对样本中的核酸质量造成损伤,进而影响其完整性。因此,从样本中获取有用信息(如高质量的序列数据)变得具有挑战性,尤其在样本总量有限的情况下。利来国际推出的FFPE修复试剂(HieffNGS® FFPE DNA Repair Reagent,Cat#12606ES),由多种酶按特定配方优化混合而成,经过验证,能有效修复FFPE样本中的DNA。这款修复试剂不仅能显著提高文库产量,还具备无偏嗜性的特点,整体提升了建库的成功率。
实验验证与效果
在文库构建过程中,我们设置了两组实验,以比较相同样本。第一组在末端修复加A步骤中添加修复试剂,第二组则不添加。实验结果显示,FFPE修复试剂通过修复样本显著提高了低质量FFPE样本的文库产出,而高质量FFPE样本的文库产量提升则不明显。此外,我们对修复试剂在4℃和25℃恒温条件下进行了稳定性测试,结果显示在这两种条件下放置4周后,文库产量与对照组相比基本无显著下降。
发挥FFPE样本的潜能
FFPE样本承载着大量宝贵的临床与科研数据。借助利来国际的FFPE样本修复试剂,研究人员能够最大限度地挖掘这些样本的潜能,将“沉睡”的数据转化为推动医学进步的重要资源。无论您从事肿瘤基因组研究、遗传学分析,还是历史样本解读,利来国际的FFPE修复试剂都能为您的研究提供强有力的支持。让每一份样本都焕发出其独特的价值!
产品选择指南
产品名称:MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit
产品编号:V218375ES
产品应用:磁珠法石蜡包埋组织DNA提取试剂盒(瓶装)
产品名称:HieffNGS® FFPE DNA Repair Reagent
产品编号:12606ES
产品应用:FFPE DNA样本修复试剂
产品名称:HieffNGS® DNA Library Prep Kit
产品编号:2012927ES
产品应用:全能型DNA建库试剂盒
产品名称:HieffNGS® One Pot Pro DNA Library Prep Kit V3
产品编号:V312194ES
产品应用:一步法DNA建库试剂盒